选择软件著作权代理公司时，可以考虑以下几个因素：

1.专业能力：代理公司应具备丰富的知识产权相关经验和专业能力，包括熟悉软件著作权法律法规、熟悉审查程序以及具备良好的技术背景。可以通过查阅代理公司的资质、参考其客户案例和口碑等方式评估其专业能力。

2.行业经验：优先选择熟悉您所在行业的代理公司。不同行业的软件著作权保护有其特点和难点，熟悉行业背景的代理公司更能理解您的需求并提供专业化的服务。

3.信誉和口碑：代理公司的信誉和口碑是选择的重要参考依据。可以通过搜索代理公司的客户评价、查阅媒体报道等方式了解其服务质量和口碑。

4.服务范围：代理公司的服务范围涵盖哪些方面，比如软件著作权的申请、登记、维权等环节。选择一家能够提供全方位服务并满足您需求的代理公司。

5.价格和费用：代理公司的收费标准也是选择的考虑因素之一。可以向不同代理公司咨询费用，并综合考虑其价格与服务质量的关系。

6.沟通和配合：与代理公司进行沟通交流，了解其对待客户的态度和配合程度。代理公司应该能够清晰地沟通并提供解答，以便您更好地了解整个软件著作权保护过程。

申请流程：

软件著作权申请是向知识产权局或相关机构提交申请，以获取对特定软件的著作权保护。下面是一般的软件著作权申请流程：

1.准备材料：收集准备好以下材料：

软件著作权申请表格（根据当地知识产权局要求填写）

软件的详细说明，包括功能、特点、技术实现等方面的描述

软件的完整源代码

软件的用户手册或技术文档

其他支持材料

2.填写申请表格：按照要求填写软件著作权申请表格，包括软件名称、作者、开发时间等信息。

3.编写软件说明：详细说明软件的功能、特点和技术实现方式等信息，可使用非技术性语言描述，帮助非专业人士理解软件的主要特点。

4.提交申请材料：将填写好的申请表格、软件说明、源代码、用户手册等材料递交至当地知识产权局或相关机构。

5.审查与登记：申请机构将对软件著作权申请进行审查，包括对软件的独创性、创作过程等方面进行评估。若审核通过，将颁发软件著作权证书。

整个软件著作权申请流程的具体细节和要求可能因地区而不同，建议在申请前详细了解当地知识产权局的规定和要求，向专业知识产权代理机构获取更准确的指导。